Sur les bancs de l'École
Les années passées à l'École, de 1943 à 1947, sont pour Henri-Jean Martin l’occasion de nouer des liens durables avec certains de ses camarades. On citera ainsi Guy Beaujouan, qu’il retrouvera en tant que collègue professeur à l’École Pratique des Hautes Études (EPHE) et Jacques Monfrin, futur directeur de l'École (1976-1987). Il est rejoint en troisième année par René Girard, celui-ci ayant connu des aléas dans sa scolarité.
Le contexte de la guerre pousse le directeur Clovis Brunel à aménager les enseignements pour tenir compte de l’absence des élèves mobilisés ou prisonniers : examens décalés, report du dépôt de la thèse, soutenance en l’absence du candidat… Henri-Jean Martin relate le subterfuge employé pour échapper au STO en Allemagne : il se fait passer pour épileptique au moyen d’un électroencéphalogramme falsifié par un ami interne à l’hôpital Sainte-Anne.
Il apprécie en particulier le professeur Pierre Marot qui enseigne à la fois l’archivistique, la bibliographie et l’histoire du livre : « d’évidence, il souffrait de devoir enseigner cette matière particulièrement ingrate qu’est la bibliographie et débitait des listes de noms et de titres que nous devions apprendre pour le jour de l’examen ; cependant, ses cours de technique du livre étaient très clairs, et il m’initia à la connaissance des imprimeurs célèbres ».
La première année d’Henri-Jean Martin à l'École est ponctuée d’alertes aériennes qui obligent à interrompre les cours ou les examens pour se réfugier dans la cour de Sorbonne. Le 26 août 1944, au cours des combats pour la libération de Paris, un obus tiré par un char allemand traverse le cabinet des fac-similés de l'École et finit par éclater sur une colonne du péristyle de la chapelle de la Sorbonne.
En dépit du contexte, Henri-Jean Martin parvient à suivre une scolarité normale et ne manque aucun examen. D’abord « gêné par l’atmosphère solennelle qui régnait à l’École », il saluera plus tard l’originalité du programme et des enseignements, marqués par la pluridisciplinarité et la formation de l’esprit critique.
Avec seulement six à huit heures de cours par semaine à l'École, Henri-Jean Martin trouve le temps de fréquenter en parallèle les cours d'Émile Coornaert au Collège de France et ceux de Clovis Brunel à l’EPHE, encouragé par ce dernier. « Le seul malheur était que les professeurs de l’École des chartes, qui faisaient en théorie des cours d’une heure ou 1h10, avaient tendance à les prolonger […]. Je me glorifie d’avoir mis au point un système qui permettait à la pendule de la petite salle de cours d’accélérer son rythme ».